2005年，农业部、科技部等部门共同编制了《国家农业科技创新体系建设方案》。方案总体思路是围绕国家食物安全、生态安全和农民增收三大任务，加强农业科研基础设施、创新团队和创新机制三项建设，形成国家农业科技创新基地、国家农业科技区域创新中心和国家农业科技试验站三级网络，提升农业科技原始创新、集成创新和转化应用三个能力。《方案》在国家农业创新体系的目标、任务、机构、人员、经费、体制和机制等方面提出了具体指标，为整个“十一五”的农业科技工作奠定了基础。
2006年，有两项政策正式启动，一是开始实施“农业科技研究计划”，二是设立了“神农中华农业科技奖”。前者是在当时科技管理体制下重视发挥行业部门作用的重大举措，后者则是作为专门针对农业科技人员的部级奖励。这两项新政策顺应了农业科技界多年的呼吁和期望。
也就是从这一年开始，全面实施新的项目运行机制，即以重要农产品为主线，以重大项目为纽带，整合从研究到产业化各个环节的力量和资源，建立从中央到地方上下贯通，研究、教学、推广、合作经济组织和龙头企业左右互动、共同参与的项目运行机制，推进形成研究项目直接来源于生产一线、科技成果直接应用于生产一线的工作机制。
农业部专门发布了《关于加强农业科技创新的意见》，对现代农业和新农村建设的新形势下，如何加强农业科技创新、推广应用和科技培训工作提出新要求，并对农业科技创新体系建设作出新部署。
2011年，农业部根据国家制定的《国家中长期人才发展规划纲要(2010－2020年)》，将农业科技人才列为国民经济重点领域急需紧缺人才范畴，提出实施现代农业人才支撑计划。