中国发明豆芽有悠久历史，《神农本草经》称豆芽为“大豆黄娟”。早期的豆芽，是以黑大豆作为原料。《神农本草经》中，把“大豆黄卷”列为“中品”，记做法说：“造黄卷法，壬癸日（指的是冬末春初之时），以井华水浸黑大豆，候芽长五寸，干之即为黄卷。用时熬过，服食所需也。”早时豆芽首先是用于食疗，其次用于道家。
豆芽作为素菜食用，较早见于林洪的《山家清供》：“温陵（金福建泉州）人家，中元（农历七月十五）前数日，以水浸黑豆，曝之。及芽，以糠皮置盆中，铺沙植豆，用板压。长则覆以桶，晓则晒之，欲其齐而不为风日损也。中元，则陈于祖宗之前，越三日出之。洗，焯以油、盐、苦酒、香料可为茹，卷以麻饼尤佳。色浅黄，名“鹅黄豆生”。”同样文字，亦见于《双槐岁抄》。
《东京梦华录》中称豆芽为“种生”：“又以绿豆、小豆、小麦于瓷器内，以水浸之，生芽数寸，以红蓝草缕束之，谓之“种生”，皆于街心彩幕帐设出络货卖。”
在宋朝时，食豆芽已相当普遍豆芽与笋、菌，已并列为素食鲜味三霸。宋元时食豆芽，主要用于凉拌。《易牙遗意》记其方：“将绿豆冷水浸两宿，候涨换水，淘两次，烘干。预扫地洁净，以水洒湿，铺纸一层，置豆于纸上，以盆盖之。一日洒两次水，候芽长，淘去壳。沸汤略焯，姜醋和之，肉燥尤宜。”
明清之后，有芼（可供食用的野菜或水草）之为羹者，有以油炸之，亦有以鸡汁和豚汁烫而食之。诸种豆芽中，豌豆苗相比更为鲜美。《清稗类钞》记：“豌豆苗，在他处为蔬中常品。每于筵宴，见有清鸡汤中浮绿叶数茎长六七寸者，即是。惟购时以两计，每两三十余钱。”
食豆芽须掐去根须及豆，因此到清代称作“掐菜”。到了明清，文人们就开始讲究豆芽要入汤融味。《随园食单》有豆芽条称：“豆芽柔脆，余颇爱之。炒须熟烂，作料之味才能融洽。可配燕窝，以柔配柔，以白配白故也。然以其贱而陪极贵，人多嗤之，不知惟巢由正可陪尧舜耳。”巢父与许由，此两人都是隐士。尧要把君位让给许由，巢叫许由隐居。
西方称豆芽是中国食品的四大发明之一。另三个分别是豆腐、酱和面筋。其实，中国之食品发明，远不止此四种。豆芽据说也是李鸿章在光绪庚子后使欧时传入西方的。因有“李鸿章杂碎”之说，现加拿大魁北克一带，干脆就称豆芽为“杂碎”。
